Dans les caves de Vila Nova de Gaia (Rua de Serpa Pinto) sont réalisés le stockage, l’assemblage, le vieillissement, la mise en bouteille, l’étiquetage et l’expédition du vin de Porto. C’est dans cet espace magique entouré de nombreuses autres caves de portos que reposent les vieux vins Niepoort dans de très anciennes barriques, pipas, dames-jeannes, bouteilles. Environ 20 personnes travaillent dans les caves Niepoort ; le maître assembleur José Nogueira a commencé à accompagner son père (dont il a hérité le prénom) à 14 ans. Les membres de la famille Nogueira sont maîtres assembleurs et bons compagnons de la famille Niepoort depuis la fondation de la compagnie en 1842.